Životinje imaju veoma važnu ulogu u organskoj proizvodnji. One zaokružuju hranidbeni proces. Životinje proizvode đubrivo za biljke dok sa druge strane biljke služe kao hrana životinjama. Đubrivo koje proizvode različite vrste životinja veoma je značajno za organsku proizvodnju. Njime se popravlja struktura, povećava humusni sloj, obezbjeđuju hranjive materije za biljke itd. Životinje koje se uzgajaju u nekom području treba da su prilagođene takvom načinu držanja i njege.
Tehnike upravljanja koje koristi organsko stočarstvo moraju da budu regulisane psihološkim i osnovnim etiološkim potrebama stoke, što u principu podrazumijeva i posebne uslove. Naime, kada je reč o primjeni i korišćenju tehnika u proizvodnim nivoima i brzini prirasta, one moraju da budu usmjerene ka dobrom zdravlju životinja, i obezbjeđenju razumnog ponašanja prema životinjama.
Ciljevi u oblasti gajenja životinja treba da budu razumni proizvodni nivoi (optimalna prizvodnja, neforsirana), ali da budu prilagođeni uslovima dugovječnosti i kvaliteta životinjskih proizvoda. Zato je potrebno odabrati rase koje su lako prilagodljive lokalnim uslovima njege i držanja. Takođe je pri izboru rase za gajenje, potrebno razmotriti značaj genetske raznovrsnosti, kako bi se maksimalno izbjegla genetska erozija. S druge strane, na farmi ne bi trebalo primjenjivati one metode koje funkcionisanje na farmi čine zavisnim od visoke tehnologije za koju su potrebna velika sredstva, a čiji se dugoročni rezultati ne mogu procijeniti. To znači da tehnike transfera embriona i neke druge nisu dozvoljeni.
Smještaj i nega životinja
Organsko stočarstvo zahtijeva posebne uslove kako u pogledu korišćenja građevinskog materijala za gradnju objekata (zidovi,pod, ograde i sl.), tako i broja životinja (grla) u objektu, odnosno grupi. Jednom rječju materijal za gradnju objekta mora da zadovolji sve zahtjeve za bezbjedno držanje i ponašanje životinja, a grupe treba prilagoditi tako da se životinje mogu slobodno kretati, da ne uznemiravaju jedna drugu i da u svako vrijeme bez ikakvih ograničenja i smetnji životinja slobodno može da koristi vodu i hranu.
Ukoliko se želi postići uspjeh u ostalim granama poljoprivrede organsko gazdinstvo treba da posjeduje stoku. Glavni razlog za to su đubriva koje stoka proizvodi.Treba nastojati da se životinjama obezbijedi ugodan boravak i dosta kretanja kako bi se izbjegle bolesti. Organsko stočarstvo, kao i sve druge grane organske poljoprivrede, zahtijeva preventivno djelovanje.